Die altkatholische Kirchengemeinde Linz verselbständigte sich allmählich aus der altkatholischen Pfarre Ried im Innkreis und wurde 1909 zur Filialgemeinde erklärt. Damals dürfte die Gemeinde an die 120 Altkatholik_innen gezählt haben.
Seit 1919 feiert die Gemeinde in der Prunerstift-Kirche (Fabrikstraße 10, im Eigentum des Magistrates Linz), als „Hauptkirche“, ihre Gottesdienste. Nach der Renovierung erfolgte am 26. Juni 1920 die feierliche Einweihung.
In den folgenden Jahrzehnten hat sich die Gemeinde beständig weiterentwickelt und ist kontinuierlich gewachsen. So wurde in Steyr ein ehemaliges Rüsthaus, durch die Mitglieder vor Ort, liebevoll zu einer kleinen Kirche umgebaut, die später leider aufgrund eines Straßenausbaues abgerissen worden ist. Auch in Wels wurden Gottesdienste gefeiert.
Nach dem 2. Weltkrieg erlebte die Kirchengemeinde eine Blüte unter dem damaligen Pfarrer und späteren Weihbischof Paulitschke. Nach 1979 gab es einige kürzere Pfarrerwechsel, ehe Pfarrer Klemens Haas mit der Leitung der Seelsorge betraut wurde. Dieses Amt übte Pfarrer Haas bis 2004 aus.
Sein Nachfolger, bis 2016, war Pfarrer Hannes Dämon. Seit 1. Jänner 2017 ist Vikar Samuel Josef Ebner Seelsorger für die Kirchengemeinde.